Do podstawowych zadań Departamentu Nadzoru i Kontroli należy:

1. przygotowywanie programów i planów kontroli kompleksowych wojewódzkich stacji sanitarno – epidemiologicznych i prowadzenie na ich podstawie, we współpracy z komórkami organizacyjnymi Głównego Inspektoratu tych kontroli;
   
   
2. koordynowanie i nadzór nad procedurą dotyczącą „Planowania i realizacji kontroli kompleksowych” (GIS-SZJ-JP-04);
   
   
3. przygotowywanie koncepcji zmian strukturalnych w jednostkach organizacyjnych Państwowej Inspekcji Sanitarnej;
   
   
4. przeprowadzanie, na polecenie Głównego Inspektora, kontroli wojewódzkich, powiatowych i granicznych stacji sanitarno-epidemiologicznych w zakresie organizacji, funkcjonowania i finansowania;
   
   
5. sporządzanie protokołów pokontrolnych, wniosków i zaleceń pokontrolnych;
   
   
6. monitorowanie realizacji wniosków i zaleceń pokontrolnych;
   
   
7. realizowanie zadań w zakresie sprawowania przez Głównego Inspektora nadzoru nad jednostkami organizacyjnymi Państwowej Inspekcji Sanitarnej;
   
   
8. koordynowanie spraw, dotyczących kontroli działalności Głównego Inspektora Sanitarnego, prowadzonych przez organy kontroli zewnętrznej oraz koordynowanie i monitorowanie realizacji wniosków i zaleceń pokontrolnych.