Do podstawowych zadań Departamentu Przeciwepidemicznego należy:

1. ustalanie priorytetów, kierunków i koordynowanie działań Państwowej Inspekcji Sanitarnej związanych z zapobieganiem i zwalczaniem chorób zakaźnych i zakażeń u ludzi, zatruć pokarmowych i zakażeń zakładowych; 
    

2. dokonywanie analiz i ocen oraz monitorowanie sytuacji epidemiologicznej kraju;  

3. planowanie i koordynowanie działań związanych z realizacją szczepień ochronnych, w tym przygotowywanie wniosków do Ministra Zdrowia w sprawie finansowania Programu Szczepień Ochronnych;  

4. współpraca ze Światową Organizacją Zdrowia w ramach Międzynarodowych Przepisów Zdrowotnych (IHR); 

5. współdziałanie z Komisją Europejską, Europejskim Centrum Zapobiegania i Kontroli Chorób (ECDC) i krajami członkowskimi Unii Europejskiej w ramach:
   
    

   1. ESCON ( Wspólnotowa Sieć Nadzoru Epidemiologicznego),

   2. EWRS (System Wczesnego Ostrzegania i Reagowania),

   3. programów zdrowotnych; 

6. koordynowanie realizowanych przez wojewódzkie stacje sanitarno-epidemiologiczne przeciwepidemicznych działań zapobiegawczych w szczególności w zakresie opracowywania:
   
    

   1. programów zapobiegania chorobom zakaźnym,

   2. planów przeciwepidemicznych; 

7. nadzór merytoryczny oraz przeprowadzanie kontroli pionu nadzoru epidemiologicznego i laboratoriów mikrobiologii stacji sanitarno-epidemiologicznych;
    

8. współpraca z zainteresowanymi służbami i jednostkami organizacyjnymi w zakresie opracowywania i upowszechniania procedur zapobiegania zakażeniom szpitalnym i postępowania w przypadku wystąpienia szczególnie niebezpiecznych chorób zakaźnych;

9. podejmowanie działań mających na celu ochronę granic Polski przed rozprzestrzenianiem się chorób wysoce zakaźnych i szczególnie niebezpiecznych; 
    

10. koordynowanie działań przygotowujących struktury Państwowej Inspekcji Sanitarnej do likwidacji skutków ataku bioterrorystycznego oraz do zwalczania ognisk chorób wysoce zakaźnych i szczególnie niebezpiecznych;    
     

11. współpraca ze stacjami sanitarno-epidemiologicznymi w zakresie prowadzenia nadzoru nad stanem sanitarno-higienicznym w jednostkach udzielających świadczeń zdrowotnych, ze szczególnym uwzględnieniem zakażeń zakładowych oraz w zakresie postępowania z odpadami medycznymi w miejscu ich powstawania, a także wdrażania higienicznych standardów postępowania przeciwepidemicznego; 

12. ustalanie kierunków wykonawstwa badań laboratoryjnych do celów nadzoru epidemiologicznego i koordynowanie działań w tym zakresie;
     

13. współpraca z Agencją Rezerw Materiałowych.